貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r(shí)掌握，因此保稅區(qū)儲(chǔ)的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。

自主管理的保稅區(qū)儲(chǔ)物流企業(yè)，必須通過海關(guān)的嚴(yán)格審核才能營運(yùn)。

庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動(dòng)和盤點(diǎn)等操作對企業(yè)的物流進(jìn)行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現(xiàn)象，提高服務(wù)水平，保證生產(chǎn)經(jīng)營活動(dòng)的順利進(jìn)行。

保稅區(qū)儲(chǔ)是指使用海關(guān)核準(zhǔn)的保稅區(qū)庫存放保稅貨物的倉儲(chǔ)行為。保稅貨物主要是暫時(shí)進(jìn)境后還需要復(fù)運(yùn)出境的貨物，或者海關(guān)批準(zhǔn)暫緩納稅的進(jìn)口貨物。保稅區(qū)儲(chǔ)受到海關(guān)的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關(guān)負(fù)責(zé)，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關(guān)簽署。保稅區(qū)儲(chǔ)一般在進(jìn)出境口岸附近進(jìn)行。
第三方物流自主管理的保稅區(qū)儲(chǔ)業(yè)務(wù)，是近幾年新推出的保稅物流業(yè)務(wù)，是依據(jù)的保稅貨物進(jìn)出口報(bào)關(guān)和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區(qū)可以設(shè)在保稅區(qū)外，海關(guān)下放部分操作程序，由第三方物流企業(yè)自主管理，海關(guān)可以隨時(shí)查看保稅區(qū)的庫存情況，對保稅區(qū)實(shí)行。
保稅區(qū)每月向海關(guān)申報(bào)一次貨物進(jìn)出口清單，并與海關(guān)系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進(jìn)出關(guān)的手續(xù)，加快了通關(guān)速度。此種管理模式特別適用于對時(shí)間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業(yè)務(wù)。
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