保稅區儲區別于一般倉儲之處在于保稅區儲的力度要大得多。貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區儲的管理信息系統要求也高很多。庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現象，提高服務水平，保證生產經營活動的順利進行。
自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。首先，自主管理的保稅區物流企業必須有很好的管理體系，還要有很好的誠信度，確保國家關稅的征收，決不，保稅貨物的物流過程必須符合中國海關管理規范，嚴格執行海關進出口報關規則；其次，自主管理的保稅區物流企業必須能為貨主提供高質量的、符合要求的物流服務，其中包括能嚴格按照貨主的要求進行備件的保管、存儲、包裝、配送、回收和退換，保證維修備件能正確、快捷、準時、保質地送達貨主手中。

自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

2．保稅區儲貨物簡單加工
（1）保稅區庫申請對保稅區儲貨物進行改變包裝、分級分類、加刷嘜碼、分拆拼裝等簡 單加工，須事先填制《保稅區儲貨物簡單加工申請表》向主管海關提出。
（2）主管海關審核后，在《保稅區儲貨物簡單加工審核表》“海關審核意見”欄批注是否準予開展簡單加工業務的意見，并簽發給企業。
（3）保稅區庫須在對倉儲貨物簡單加工完成后3個工作日內，在《保稅區儲貨物簡單加工審核表》加注加工情況，交回主管海關。
3．保稅區儲貨物存放期限
（1）保稅區儲貨物儲存期限為一年，儲存期限滿后，有正當理由的，可向主管海關申請延期，延期長不得超過一年。
（2）辦理延期手續應遞交單證：
a．延期倉儲協議；
b．《保稅區儲貨物延期倉儲申請表》。
（3）經海關審核準予延期的，海關簽發《保稅區儲貨物延期倉儲審核表》。
（4）對超過規定的存儲期限三個月仍不復運出境，也不辦理有關進境手續的，海關依法變賣處理。

保稅區每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續
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